Une partie du plan d'allègement concerne la formation, la recherche et l'innovation (domaine FRI), c'est-à-dire également les hautes écoles spécialisées, les universités, les instituts de recherche ou les programmes d'échange. La Confédération a prévu des économies importantes, par exemple :
Les contributions liées à des projets dans les hautes écoles devraient être largement supprimées.
- Augmentation des taxes d'étude
– un doublement serait envisageable pour les étudiants suisses
– voire un quadruplement pour les étudiants internationaux
- Réductions pouvant atteindre environ 10 % pour les partenaires de recherche tels que le FNS ou Innosuisse
- Des économies de plus de 460 millions de francs par an auraient été possibles rien que dans le domaine FRI
Ces propositions ont suscité de vives critiques, notamment de la part de HES SUISSE, Swissuniversities, du Conseil des EPF, du FNS et d'Innosuisse. Ils avertissent que de telles économies pourraient aggraver la pénurie de main-d'œuvre qualifiée et affaiblir la capacité d'innovation de la Suisse.